نمط سوم اشارات و نفس شفاء در معرفت فكرى و نظرى نفس است يعنى در معرفت نفس است از طريق فكر و نظر و همچنين نمط هاى هفتم و هشتم و نهم و دهم در تجريد و در بهجت  و سرور نفس و در مقامات عارفان و اسرار آيات غريبه صادره از آنان به طريق فكر و نظر است. و نفس اسفار در معرفت نفس از افق اعلاى حكمت متعاليه است و فصوص الحكم و فتوحات در معرفت شهودى نفس از مجلاى كشف در سير و سلوك انفسىاست. پنج نمط فوقشريفترين و شيرين ترين نمطهاى اشاراتند و به خصوص در نمط چهارم آن در مقامات عارفين به اسلوب بحث نظرى داد سخن داده است.

فخر رازى در شرح اشارات  گويد: اين باب  اجل از آنچه در اين كتاب است مى باشد، زيرا كه شيخ در آن علوم اهل عرفان را ترتيبى داده است كه قبل از وى و بعد از وى كسى كار او را نكرده است.

اين كمترين سه نمط اول شرح اشارات خواجه طوسى را در تهران در محضر مبارك  استاد ذوالفنون جناب علامه حاج ميرزا ابوالحسن شعرانى قدس سره قرائت كرده و از نمط چهارم تا آخر كتاب را در محضر شريف استاد عارف ربانى جناب  علامه حاج ميرزا مهدى الهى قمشه اى و ثانيا سه نمط آخر آن را در نزد علامه شعرانى درس خوانده است. روز شروع درس اول نمط اول، شنبه يازدهم ذى الحجه هزار و سيصد و هفتاد و دو هجرى قمرى بود، و روز ختم آخر نمط دهم، بيست و يكم ذى الحجه هزار و سيصد و هفتاد و سه هجرى قمرى بوده است كه در مدت يك سال هر روز دو درس خوانديم تا كتاب  را تمام كرديم.

بعد توفيق يافته ايم كه تاكنون سه دوره در حوزه علميه قم آن را تدريس كرده ايم. نسخههاى عديده اى از آن تحصيل نموده ايم كه با كمال دقت و درستى آن را تصحيح كرده ايم و يكدوره كامل بر آن حواشى و تعليقات نوشته ايم كه مقدارى معتنى به است و در حكم يك دوره شرح برآنست. استاد شعرانى مى فرمود: انسان كه به عبارات شيخ در مقامات العارفين برمى خورد، در بادى نظر مى پندارد كه كلمات قصار ائمه دين عليهم السلام است و اين عبارت شيخ را به عنوان نمونه قرائت مى كرد: العارف هش بش بسام يبجل الصغير من تواضعه مثل ما يبجل الكبير و ينبسط من الخامل مثل ما ينبسط من النبيه و كيف  لا يهش و هو فرحان بالحق و بكل شىء فانه يرى فيه الحق و كيف لايسوى و الجميع عنده سواسيه اهل الرحمه قد شغلوا بالباطل.

استاد آلهى قمشه اى مى فرمود: زمانى كه شيخ مقامات العارفين را مى نوشت در اربعين بسر مى برد و رياضت  مى كشيد.

منبع: قرآن و عرفان و برهان از هم جدایی ندارند