این دانشمند بزرگ داراى مؤلفات بسیار است، از آن جمله کتاب قانون در طب است که در همه فرنگستان بعد از جنگ صلیب و بیدارى ملل فرنگ از خواب جهل، طب منحصر به طب ابن‏ سینا بود و کتاب قانون وى را در تمام مدارس تدریس مى ‏کردند و به زبان لاتینى شرحها بر آن نوشتند.

طبیعت در حقیقت رحم است- یعنى رحم اسمى براى حقیقت طبیعت نیز است چه اینکه هر محصول و مولود طبیعى اعمّ از معدنى و نباتى و حیوانى و انسانى و غیرها در این رحم پرورده مى‏ شوند، و آدمى سرمایه سعادت جاویدانى را در این رحم کسب مى‏ کند.

بر کسی که نماز را به سبب صلواتِ بر او شرافت دادی، صلوات بفرست.

هرچیز به مناسبت خودش ترازوئى دارد، انسان کامل براى انسانهاى دیگر میزان است.

«طایفه جنّ مانند طایفه انس داراى مذاهب گوناگون‏ اند، جز این که سنّى ندارند، براى این که در میان ما کسانى هستند که در واقعه‏ غدیر خم حضور داشتند و شاهد ماجرا بوده ‏اند»

سه مطلب زیر از سه کتاب حضرت علامه حسن زاده آملی درباره نظریه تکامل داروین است:

در اصطلاح منجمین ارض بر کره خاک گفته می شود که آب بر اکثر آن احاطه دارد ، اما به این معنی در قرآن نیامده است

همچنین آن دست مبارک و تبارک الله احسن الخالقین که این صنع شگفت انسان را آفرید کتابى براى نگهدارى این صنعت به نام قرآن در کنارش گذاشت، دستورات این کتاب باید در متن افعال و احوال انسان و اجتماع او پیاده شود تا حیات انسانى به دست آورد و صاحب مدینه فاضله گردد.
 

مهر مهرویان حسن را دین و آیین است و بس

‏ کفر باشد مهر مهرویان ز دل برداشتن

الهی ، خانه کجا و صاحب خانه کجا ؟ طائف آن کجا و عارف این کجا ؟

احمد بن اسحق مى گوید: خدمت امام هادى علیه السلام نوشتم که نظر مبارکشان در مورد دیدن خداوند متعال چیست؟

لاجرم وجود اعضاء و قوا را به لغو و فضول نسبت نکند بلکه حق داند و با نبودن یکی از آن ها نفس را در کارش مختل یابد، امّا وحدت در کثرت و کثرت در وحدت بیند، وحدتی قاهر و محیط و کثرتی مقهور و محاط.

قصیده یا علی از حضرت علامه حسن زاده آملی که هر بیت آن ناظر به آیات و روایات در مورد حضرت امام امیرالمومنین علی وصی علیه السلام است:

 

گویم: آن که خدا دارد چرا بى نور است؟

و شاءن همه موجودات نیز این است که معقول و معلوم وی گردند ، پس از تو حرکت و از خدا برکت!

امید آنکه در حوزه هاى علمیه صحف  ادعیه و اذکار که از ائمه اطهار ما صادر شده اند و بیانگر مقامات  و مدارج و معارج انسانند از متون کتب درسى قرار گیرند و در محضر کسانى که زبان فهم و اهل دعا و سیر و سلوکند و راه رفته و راه نمایند درس خوانده شوند.

 

اعدی عدوک نفسک التی بین جنبیک" ؟

آن که نیت گناه کرده‌است، هرچند که به فعل آن دست نیافته‌است، دل را از دست داده است.

بدان که باید تخم و ریشه سعادت را در این نشئه، در مزرعه دلت‏ بکارى و غرس کنى. این‏جا را دریاب، این‏جا جاى تجارت و کسب و کار است، و وقت هم خیلى کم است. وقت ‏خیلى کم است و ابد در پیش داریم.

گناهانشان حجابند.